2199年1月，經(jīng)科學(xué)家估計(jì)后得出，人類距離滅絕只剩下一年的時(shí)間。沖田十三提督所率的聯(lián)合國宇宙軍第一艦隊(duì)，在冥王星宙域開始了“メ號作戰(zhàn)”。這場戰(zhàn)斗中，有一艘暗號代碼為“天照”（アマテラス）的宇宙船飛入太陽系。于火星等待“天照”的古代進(jìn)與島大介，將墜落宇宙船中的座艙回收，并由撤退的宇宙戰(zhàn)艦 霧島號 收容回到地球。 回到地球，于“天照”計(jì)劃中回收的“波動核心”被裝進(jìn)“大和”號，成為主要能源核心。古代等人均以遴選乘員身份受到召集。雖然他們估計(jì)受到召集是因?yàn)橐獑佑钪嬉泼裼?jì)劃“出云計(jì)劃”（イズモ計(jì)畫），但實(shí)際上發(fā)動的，卻是以前往異星人行星“伊斯坎達(dá)爾”接收污染凈化系統(tǒng) 為目的的“大和計(jì)劃”（ヤマト計(jì)畫）。 于地球拔錨的大和號，成功于太陽系內(nèi)突破光速。帶著人類最后的一線希望，踏上了這場以一年為限的33萬6千光年的旅程，前往大麥哲倫銀河星球“伊斯坎達(dá)爾星”。