在一場警察無法應(yīng)對的世界范圍內(nèi)的治安危機當中，產(chǎn)生了一種在法律限制內(nèi)解決個人或組織的委托以彌補警察不足的職業(yè)——武偵。而在專門培養(yǎng)武偵的特殊學(xué)校東京武偵高中里，偵探科二年級的男主角?遠山金次，因為擁有某種神祕體質(zhì)，在某種契機之下會讓大腦細胞活性化。對于這一點他始終希望對對其他人保密，只期求能過平凡的校園生活。可惜事與愿違，某天在上學(xué)途中他被卷入一起炸彈攻擊，更因此和強襲科的超精英——神崎·H·亞里亞相遇。就這樣，被逼與S級的最強武偵亞里亞組隊的金次，他的平凡日常生活逐漸地離他而去。